青山剛昌のコミックを原作とする人気テレビアニメ「名探偵コナン」の劇場版4作目。刑事が連続して射殺される事件が発生した。偶然にも事件現場に居合わせたコナンは小五郎と共に調査に乗り出すが、警察内部の関与が疑われることから情報の提供を拒まれてしまう。そんな中、警察関係者が多数出席するパーティ会場で、トイレに行った佐藤刑事が何者かに銃撃され重傷を負う。一緒にいた蘭は自分のせいで佐藤が撃たれたと考え、ショックのあまり全ての記憶を失ってしまう。事件の目撃者である蘭も命を狙われ、彼女の身を守りながら真相を突き止めるべく奔走するコナンたちだったが……。